El rol del calentamiento global en la aparición y la dispersión de epidemias
El científico miembro del Departamento de Biología y Bioquímica de la Universidad de Bath especificó que se dedica a la investigación de la Salmonella porque es el principal patógeno asociado con alimentos en el mundo, y detalló: «Empecé trabajando en la detección, y de la detección, a la caracterización, y después a la epidemiologia molecular, y ahora estamos haciendo genómica». En cuanto a la Vibrio: «… me parece que es una bacteria apasionante, porque Vibrio es un organismo que vive naturalmente en el medio ambiente marino, y de repente determinadas poblaciones muy concretas causan enfermedades. Nadie entiende por qué un bacteria que es normal y que vive en el medio ambiente se convierte en patógena y de repente puede causar una epidemia; y, a pesar de todos los años de investigación y esfuerzos, todavía sigue sin entenderse claramente». En su texto «Cambio climático y patógenos en el agua: el fenómeno de El Niño y su impacto en la salud» destaca la irreversibilidad del cambio ambiental originado por el calentamiento global que produce la actividad humana y habla de la posibilidad de, con base en sus investigaciones, predecir nuevos brotes epidémicos de Vibrio. A pregunta expresa sobre el porqué predecir, mas no prevenir, explicó: «Intentamos desarrollar modelos que puedan predecir las condiciones que son adecuadas para la presencia del patógeno, si eres capaz de anticiparte y saber cuándo hay épocas de riesgo puedes implementar medidas y una de las medidas más importantes es evitar la exposición: entonces, al estar evitando que las personas se expongan a ese patógeno, vas a reducir las infecciones. Y a través de esas medidas vas a reducir el total de casos de infectados, y eso va a repercutir beneficiosamente no sólo en la salud sino también económicamente». Gran parte de las investigaciones de este bioquímico en diversas costas y áreas próximas a éstas en África y América (incluidas la bahía mexicana Todos Santos y el valle de Culiacán) se relacionan con el calentamiento global. Y, en este sentido, cabe destacar que, de acuerdo con el Reporte Mexicano de Cambio Climático, 46.2% de los 120 millones de mexicanos padecen actualmente los efectos de este fenómeno, entre los cuales se menciona la transmisión de enfermedades, y se destaca que son precisamente las zonas costeras las más afectadas. Así, Martínez-Urtaza compartió parte de sus hallazgos en materia de las consecuencias que dicho fenómeno tiene en la aparición y la dispersión de epidemias. «Cuando hablamos de cambio climático siempre pensamos en él en términos generales, pero el cambio climático tiene un impacto muy importante a nivel regional. Básicamente se pronuncian ciertos eventos extremos del clima, que las lluvias son más intensas y la temperatura es más caliente. Bueno, pues la combinación de estos dos factores va a influenciar en la supervivencia de estos patógenos en el medio ambiente; y si van a vivir más, van a transmitirse con mayor facilidad. Ése es más o menos el marco teórico que trabajamos nosotros.» «¿Qué pasa en las costas? Pues si trabajas con Vibrio, ésta es una bacteria a la que le gustan los ambientes calientes y de baja salinidad, por ejemplo; cuando hay mucha lluvia, baja la salinidad del mar y el cambio climático calienta las zonas, por lo que las áreas en las cuales van a ser propicias para que haya esos microorganismos van a ampliarse con el cambio climático: esas bacterias van a aparecer en más y más sitios (que es lo que estamos estudiando y detectando en nuestros estudios). En términos generales, las enfermedades del Vibrio se están extendiendo hacia los polos, alcanzando latitudes más hacia el norte y más hacia el sur; hasta hace unos años, estaba casi en zonas tropicales y subtropicales, y en las últimas investigaciones que hemos terminado, hemos detectado enfermedades asociadas con Vibrio a 60 millas del círculo polar ártico.» El mencionado Reporte Mexicano de Cambio Climático destaca el hecho de que, a pesar de las décadas de investigación científica sobre el calentamiento global, la información que llega a la población mexicana —cuya principal fuente es el sector gubernamental— sigue siendo insuficiente y poco confiable. Martínez-Urtaza puntualizó que para mejorar tal percepción es esencial la divulgación de la labor científica, y aseguró: «Es nuestra función como científicos estar siempre intentando hacer las mayores actividades de divulgación de nuestros resultados y de los trabajos en los que estamos involucrados; pero también es verdad que nuestra actividad es tan frenética que no nos deja muchas oportunidades para estas cuestiones. […] Hay que reconocer que no es fácil y tampoco los Gobiernos articulan los mecanismos para que podamos hacer ese tipo de divulgaciones». Comunicación Social PIT-UAS
Alumnos de la maestría en Ciencias de la Información visitan las instalaciones del PIT-UAS
El pasado lunes 7 de diciembre, acompañados por la doctora Xiomara Penélope Zaldívar Colado, alumnos de la maestría en Ciencias de la Información de la Universidad Autónoma de Sinaloa (UAS) visitaron las instalaciones del Parque de Innovación Tecnológica (PIT) de la Casa Rosalina. Se dio a los estudiantes un recorrido guiado a través de los distintos laboratorios y talleres que conforman este complejo universitario de innovación, con el propósito de hacer de su conocimiento algunos de los proyectos que actualmente se desarrollan en el PIT-UAS y la metodología seguida por los investigadores en ellos involucrados. Así, durante su visita, una de las áreas a las que los maestrandos tuvieron la oportunidad de acceder fue el Aula de Capacitación, en la que se cuenta con equipos de plataforma Mac y consiste en un espacio donde se realizan las capacitaciones para las personas involucradas en proyectos de investigación. La mencionada maestría en Ciencias de la Información se encuentra inscrita en el Programa Nacional de Posgrados de Calidad del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología, de ahí que se hablara a los universitarios sobre la necesidad que tiene el Parque de incorporar en sus proyectos a profesionales con perfiles como los suyos, recursos humanos formados con programas integrales de calidad, capaces de realizar investigación de calidad, desarrollar y aplicar nuevas tecnologías, además de contribuir para la solución de problemas regionales, nacionales e internacionales. Por último, se destacaron las ventajas que para ellos tendría el participar en las actividades científicas de ciencia básica y aplicada del PIT-UAS. El grupo conformado por 17 alumnos fue invitado a colaborar en el PIT-UAS mediante proyectos de innovación en dicho espacio universitario, uno de cuyos roles consiste, precisamente, en fomentar y potenciar el impacto de la labor de los alumnos egresados de la propia Casa Rosalina. Comunicación Social PIT-UAS
El doctor Martínez-Urtaza del Centro de Milner para la Evolución destaca la importancia del desarrollo de la bioinformática para la economía sinaloense
El pasado viernes 4 de diciembre de 2015 culminó el Curso-Taller de Herramientas Bioinformáticas para el Análisis de Genomas Bacterianos en Ecología y Epidemiología, entre cuyos ponentes se encontraba el doctor Jaime Martínez-Urtaza del Centro de Milner para la Evolución (Universidad de Bath, Reino Unido), quien participó con tres conferencias: Genomas Bacterianos, Genómica en Epidemiología y Ecología, Tecnologías Modernas de Secuenciación. En entrevista exclusiva, el doctor en Bioquímica y Biología Molecular por la Universidad de Santiago de Compostela (España) habló en torno a la importancia de dichos temas y de la pertinencia que tienen para la entidad sinaloense el estudio y la aplicación de la bioinformática, además de abordar su trabajo como investigador sobre los efectos del cambio climático en la aparición y la dispersión de epidemias ocasionadas por las bacterias Vibrio y Salmonella. El investigador español precisó que el curso sobre bioinformática llevado a cabo en las instalaciones del Parque de Innovación Tecnológica de la Universidad Autónoma de Sinaloa se centró en los genomas bacterianos debido a que actualmente en la zona, particularmente en Culiacán, hay muchos científicos trabajando en la identificación de bacterias patógenas aisladas de alimentos, investigadores que secuencian genomas bacterianos, sin que haya especialistas en el análisis de esos datos: «Y ese fue el motivo por el que pensamos que se necesitaba formar una nueva generación de estudiantes o investigadores que fueran capaces de procesar esa información para utilizar las técnicas modernas de secuenciación de genomas que hoy día están utilizándose en todo el mundo». Respecto al impacto que han tenido las tecnologías modernas de secuenciación en los diversos campos de la ciencia, comentó: «En todos los campos de la ciencia está teniendo un impacto tremendo, en aspectos clínicos, hospitales… Yo trabajo más en el tema de las enfermedades infecciosas, y es completamente distinto. Y, pues, todo el diagnóstico hoy en día y todo el seguimiento de las enfermedades se están haciendo utilizando estas técnicas modernas de secuenciación». Por lo tocante a la importancia de la genómica en epidemiología y ecología, explicó que se utiliza para la trazabilidad de la dispersión de organismos patógenos, ya sea por enfermedades o bien a través del medio ambiente o a través de las distintas formas que tienen de dispersarse: «Con estas técnicas se obtiene la mayor resolución posible, o sea, trabajas ya con toda la información genómica de las bacterias, lo que te facilita que puedas identificarlas, rastrearlas. […] Como se infecta de una persona a otra, de eso puedes ir trazando e identificando cuál fue la fuente o el origen del brote; y entonces puedes implementar medidas para controlarlo, que es básicamente lo que nos interesa. Nosotros siempre estamos trabajando con un aspecto muy práctico, que es cómo solucionar un problema: queremos utilizar alta tecnología y técnicas muy sofisticadas para solucionar problemas de salud, infecciones, brotes, epidemias, a través de intervención». Martínez-Urtaza detalló que su equipo de trabajo es interdisciplinario, participan epidemiólogos, oncólogos y «… distintos grupos de personas con distintas especialidades». En Sinaloa, el PIT-UAS pretende emular este tipo de trabajo interdisciplinario, conjugando asimismo esfuerzos de la academia, la industria y el Gobierno, para contrarrestar diversos problemas que los patógenos pueden ocasionar en diferentes sectores; todas aquellas actividades dirigidas a reducir la exposición de las personas a las enfermedades y reducir el número de enfermedades tienen repercusiones muy importantes en términos de salud y economía. De acuerdo con el egresado de la Universidad de Santiago de Compostela, para Sinaloa el desarrollo de la bioinformática desde esta perspectiva ecológica-epidemiológica es importantísimo, toda vez que el sector alimentario es un pilar de la economía regional: «El gran riesgo que existe de que se puedan contaminar o que se puedan presentar patógenos en estos alimentos y que causen brotes en un país al que se está exportando tiene un daño económico tremendo para la empresa, el estado y el país que los produce. Entonces, lo que se está desarrollando aquí es la aplicación de una nueva generación de herramientas que produzca información de tal calidad que permita la reducción de riesgos». El científico señaló que el producto final de este curso-taller es aportar una forma de analizar los datos, para que «… el productor conozca perfectamente el estado de su producción y, si se detecta un problema, que pueda saber de dónde proviene, para que inmediatamente pueda hacer algo para controlarlo». De manera que, gracias a la gran resolución que tienen dichos datos, se estaría en condiciones de «… poder identificar las fuentes de contaminación, el poder actuar de forma rápida y de intentar, de alguna forma, de prevenir cualquier tipo de problema en los mercados». Comunicación Social PIT-UAS
PhD Martínez-Urtaza from the Milner Centre for Evolution emphasizes the importance of bioinformatics’ developing for Sinaloa’s economy
On Friday 4th of December, culminated the Course-workshop of Bioinformatical Tools for the Analysis of Bacterial Genomes in Ecology and Epidemiology, among which speakers was PhD Jaime Martínez-Urtaza from the Milner Centre for Evolution (University of Bath, United Kingdom), who participated with three conferences: Bacterial Genomes, Genomics in Epidemiology and Ecology, Modern Sequencing Technologies. In an exclusive interview, the PhD in Biochemistry and Molecular Biology by the University of Santiago de Compostela (Spain) talked about the importance of such themes and the pertinence of studying and applying bioinformatics in Sinaloa, besides broaching his work as a researcher of the effects climate change has on the emergence and spread of epidemics caused by Vibrio and Salmonella bacteria. The Spanish researcher specified that the course on bioinformatics carried out at the facilities of the Technological Innovation Park of the Autonomous University of Sinaloa was centered on the bacterial genomes because nowadays in the zone, particularly in Culiacán, there are many scientists working in the identification of pathogenic bacteria isolated from foods, researchers are sequencing bacteria genomes, without specialists on the analysis of such data: «And that was the reason we thought it was necessary to form a new generation of students or researchers that be capable of processing that information in order to use the most modern techniques of sequencing genomes that are being used today in the whole world». Regarding the impact had by modern technologies of sequencing in diverse science fields, he commented: «In every science field is having a tremendous impact, in clinical aspects, in hospitals… I work more on the subject of infectious diseases, and it is completely different. And, well, today every diagnosis and diseases’ following up are being made using these modern techniques of sequencing». In relation to the importance of genomics in epidemiology and ecology, he explained that it is used for the pathogenic organisms’ traceability, by diseases or through the environment or via some of the other ways they have to scatter: «With these techniques the biggest resolution possible is obtained, this is, you already work with all the genomic information of the bacteria, which makes easier to identify them, track them. […] Since the infection goes from one person to another, you can both trace and identify which was the source or the origin of the outbreak; and then you can implement measures to control it, which is basically what we are interested at». Martínez-Urtaza detailed that his work team is interdisciplinary, in it participate epidemiologists, oncologists and «… different teams with diverse specialties». In Sinaloa, the PIT-UAS pretends to emulate this type of interdisciplinary work, likewise combining academy, industry and Government efforts, in order to counteract diverse problems pathogens may cause in different sectors; all those activities bounded for reducing people’s exposure to diseases and reducing the amount of diseases have very important and positive consequences in health and economy matters. According to the University of Santiago de Compostela’s graduated, to Sinaloa the development of bioinformatics from this ecological-epidemiological perspective is of utter importance, since the food sector is a pillar of regional economy: «The great existing risk of contamination or the appearance of pathogens in these foods and that it may cause outbreaks in a country to which the products are being exported has an enormous economic damage to the producing enterprise, state and country. Then, what we are developing here is the application of a new generation of tools that produces information of such quality that allows the reduction of risks». The scientist pointed out that the final product of this course-workshop is providing a way to analyze the data, so «… the producer perfectly knows the status of his production and, if a problem is detected, he can know where it comes from, so he immediately can do something to control it». So that, thanks to the great resolution of such data, it would be possible to «… identify the contamination sources, to act quickly and to try, somehow, to prevent any kind of problem in the markets». Written and translated by Belem Ruiz (Edition and Communication, PIT-UAS).
Master of Information Science students visit the PIT-UAS’ facilities
On Monday 7th of December, accompanied by PhD Xiomara Penélope Zaldívar Colado, students from the Master of Information Science offered by the Autonomous University of Sinaloa (UAS, Universidad Autónoma de Sinaloa) visited the facilities of the University’s Technological Innovation Park (PIT, Parque de Innovación Tecnológica). Students were given a guided tour through the distinct laboratories and workshops which conform this university complex of innovation, with the purpose of making them know some of the projects that are currently being developed at the PIT-UAS and the methodology followed by the researchers involved. Thus, during their visit, one of the areas to which they had access was the Training Room, where Mac platform equipment is boasted, it is a space to carry out the trainings for those involved in research projects. The aforementioned Master of Information Science is registered in the National Council of Science and Technology’s Mexican Postgraduate Quality Program, therefore, the university students were told about the necessity the Park has in the matter of joining to its projects people with professional profiles like theirs, human resources formed with integral quality programmes, capable of realizing high quality research, developing and applying new technologies, besides making a contribution to the solution of regional, national and international problems. Finally, were emphasized the advantages they may have by participating in the PIT-UAS’ scientific activities of basic and applied science. The group formed by 17 students was invited to collaborate with the PIT-UAS through innovation projects in such university space, one of which roles consists precisely on promoting and strengthening the impact generated by graduated student’s labour. Written by Moroni Arellano (Communication and Diffusion, PIT-UAS), translated by Belem Ruiz(Edition and Communication, PIT-UAS).
Participantes del curso-taller sobre bioinformática recorren las instalaciones del PIT-UAS
Luego de haber finalizado el Curso-Taller de Herramientas Bioinformáticas para el Análisis de Genomas Bacterianos en Ecología y Epidemiología, impartido en el Aula de Capacitación del Parque de Innovación Tecnológica (PIT) de la Universidad Autónoma de Sinaloa (UAS), asistentes, organizadores e instructores del seminario tuvieron la oportunidad de recorrer las instalaciones del PIT-UAS el día sábado 5 de diciembre. El grupo de profesionales de áreas de la salud, biología e informática pudo conocer en torno a las funciones del Parque, las diversas actividades que se realizan en los distintos laboratorios y espacios de éste, entre los que se encuentra el Laboratorio de Bioinformática y Geomática, espacio a cargo del doctor Inés Fernando Vega López, al cual podrán acercarse profesionales interesados en desarrollar proyectos afines, para trabajar en conjunto con los investigadores del Parque, cuyos conocimientos han sido complementados con los adquiridos en dicho curso-taller. En este sentido, cabe destacar que la conformación de un grupo experto interdisciplinario de bioinformática, estimulando la vinculación de los sectores académico e industrial, posibilitará el establecimiento de una unidad de análisis bioinformático en el estado, cuya labor colocaría a Sinaloa a la vanguardia en el análisis de datos de gran relevancia para el desarrollo de la ciencia, la tecnología y la innovación a nivel mundial. Comunicación Social PIT-UAS
Participantes del curso-taller sobre bioinformática recorren las instalaciones del PIT-UAS
Luego de haber finalizado el Curso-Taller de Herramientas Bioinformáticas para el Análisis de Genomas Bacterianos en Ecología y Epidemiología, impartido en el Aula de Capacitación del Parque de Innovación Tecnológica (PIT) de la Universidad Autónoma de Sinaloa (UAS), asistentes, organizadores e instructores del seminario tuvieron la oportunidad de recorrer las instalaciones del PIT-UAS el día sábado 5 de diciembre. El grupo de profesionales de áreas de la salud, biología e informática pudo conocer en torno a las funciones del Parque, las diversas actividades que se realizan en los distintos laboratorios y espacios de éste, entre los que se encuentra el Laboratorio de Bioinformática y Geomática, espacio a cargo del doctor Inés Fernando Vega López, al cual podrán acercarse profesionales interesados en desarrollar proyectos afines, para trabajar en conjunto con los investigadores del Parque, cuyos conocimientos han sido complementados con los adquiridos en dicho curso-taller. En este sentido, cabe destacar que la conformación de un grupo experto interdisciplinario de bioinformática, estimulando la vinculación de los sectores académico e industrial, posibilitará el establecimiento de una unidad de análisis bioinformático en el estado, cuya labor colocaría a Sinaloa a la vanguardia en el análisis de datos de gran relevancia para el desarrollo de la ciencia, la tecnología y la innovación a nivel mundial. Comunicación Social PIT-UAS
Participants of the course on bioinformatics made a tour of the PIT-UAS’ facilities
After the finalization of the Course-workshop of Bioinformatical Tools for the Analysis of Bacterial Genomes in Ecology and Epidemiology, imparted at the Training Room of the Technological Innovation Park (PIT, Parque de Innovación Tecnológica) of the Autonomous University of Sinaloa (UAS, Universidad Autónoma de Sinaloa), attendees, organizers and instructors of the seminar had the opportunity of making a tour of the PIT-UAS’ facilities, on Saturday 5th of December. The group of professionals belonging areas such as health, biology and informatics knew about the Park’s functions, the diverse activities carried out in the distinct laboratories and spaces of this scientific innovation center, among which is located the Bioinformatics and Geomatics Laboratory, space on charge of PhD Inés Fernando Vega López, where professionals interested on developing related projects may approach, in order to work with the Park’s researchers which knowledge has been complemented by the understandings acquired during this course-workshop. In this sense, it should be pointed out that with the conformation of an interdisciplinary expert group on bioinformatics, stimulating the linkage of academic and industrial sectors, it will be possible to establish a unit of bioinformatical analysis in the state, which labour would set Sinaloa in the forefront of the analysis of highly relevant data for science’s, technology’s and innovation’s development worldwide. Written by Moroni Arellano (Communication and Diffusion, PIT-UAS), translated by Belem Ruiz (Edition and Communication, PIT-UAS).
Course-workshop on bioinformatics is imparted at the PIT-UAS
This Friday 27th of November began the Course-workshop of Bioinformatical Tools for the Analysis of Bacterial Genomes in Ecology and Epidemiology, imparted at the Training Room of the Technological Innovation Park (PIT, Parque de Innovación Tecnológica) of the Autonomous University of Sinaloa (UAS, Universidad Autónoma de Sinaloa); on Friday 4th of December will be carried out the closing event and the delivery of participation certificates. Organized by the PIT-UAS and the National Laboratory for Food Safety Research (Laboratorio Nacional para la Investigación en Inocuidad Alimentaria) of the Research Center for Food and Development (CIAD, Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo), such course-workshop has the objective of transmitting to the participants the necessary knowledge to use, handle and analyze data from technologies of DNA’s massive sequencing, by means of specialized software that generates genomes assemblies and examines them for their application to specific purposes. The directors of this seminar are PhD Jaime Martínez Urtaza from the University of Bath’s Milner Centre for Evolution, PhD Cristóbal Quiroz from the CIAD and PhD Inés Fernando Vega López from the UAS. The impartation is in charge of professors and researchers from different organisms, such as PhD Luis Lozano from the National Autonomous University of Mexico’s Center for Genomic Sciences, PhD Mario dos Reis from the Queen Mary University of London and MS Gerardo Beltrán Gutiérrez from the UAS. During the seven sessions of this seminar, the next modules will be imparted: «Unix and Linux», «Bioinformatical analysis of genomes», «Phylogenetics and estimation of populations’ divergence time», «Genomics in ecology and epidemiology», «Introduction to R programming language» and «Installation of specialized software for genomic analysis». «This course’s organization emerges from the necessity of counting on an interdisciplinary expert group with interest on collaborating for the bioinformatics’ development and application, stimulating linkage with the academic and industrial sectors and generating internationally relevant products», commented PhD Vega López during the beginning of the event; besides being one of the course-workshop’s directors, he currently is a researcher at the PIT-UAS. Written by Moroni Arellano (Communication and Diffusion, PIT-UAS), translated by Belem Ruiz (Edition and Communication, PIT-UAS).
Se imparte curso-taller sobre bioinformática en el PIT-UAS
Este viernes 27 de noviembre dio inicio el Curso-Taller de Herramientas Bioinformáticas para el Análisis de Genomas Bacterianos en Ecología y Epidemiología, impartido en el Aula de Capacitación del Parque de Innovación Tecnológica (PIT) de la Universidad Autónoma de Sinaloa (UAS); el viernes 4 de diciembre se llevarán a cabo el evento de clausura y la entrega de constancias de participación. Organizado por el PIT-UAS y el Laboratorio Nacional para la Investigación en Inocuidad Alimentaria del Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo (CIAD), dicho curso-taller tiene como objetivo transmitir a los participantes el conocimiento necesario para usar, manejar y analizar datos de tecnologías de secuenciación masiva de ADN, por medio de software especializado que genera ensambles de genomas y los examina para aplicarlos a fines específicos. Los doctores Jaime Martínez-Urtaza del Centro de Milner para la Evolución de la Universidad de Bath, Cristóbal Chaidez Quiroz del CIAD e Inés Fernando Vega López de la UAS dirigen este seminario. La impartición está a cargo de profesores e investigadores de distintos organismos, tales como el doctor Gerardo Beltrán Gutiérrez de la UAS, el doctor Luis Lozano del Centro de Ciencias Genómicas de la Universidad Nacional Autónoma de México y del doctor Mario dos Reis de la británica Universidad de Londres Queen Mary (Queen Mary, University of London). A lo largo de las siete sesiones de este seminario, se impartirán los siguientes módulos: «Unix y Linux», «Análisis bioinformático de genomas», «Filogenética y estimación del tiempo de divergencia de poblaciones», «Genómica en ecología y epidemiología», «Introducción a R» e «Instalación de software especializado para el análisis genómico». “La organización de este curso surge de la necesidad de contar con un grupo experto interdisciplinario con interés en colaborar para el desarrollo y la aplicación de la bioinformática, estimulando la vinculación con los sectores académico e industrial y generando productos relevantes a nivel nacional e internacional”, comentó durante el inicio del evento el doctor Vega López, quien, además de fungir como uno de los directores del curso-taller, actualmente se desempeña como investigador en el PIT-UAS. Jesús Moroni Arellano (Comunicación y Difusión PIT-UAS)